Aktualnie muzeum eksponuje swoje zbiory w trzech zespołach: dzieje miasta , zbiory etnograficzne oraz dzieje konwentu pyzdrskiego Pierwszy zespół poprzedzony jest niewielką, znajdującą się w korytarzu ekspozycją poświęconą zwierzętom prehistorycznym. Wśród nich cenny okaz czaszki piżmowoła z przed 30 tys. lat.