Muzeum w Pyzdrach powstało w 1957 roku. Pierwsze użycie muzeum w wynajętym na dziesięć cel zabytkowym domu podcieniowym, wyprowadzonym z XVIII w. W roku 1985 muzeum przeniesione do siedziby, umieszczone jest klasztor pofranciszkański. Klasztor franciszkański w Pyzdrach jest jednym z trzech zachowanych z wczesnego średniowiecza obiektów architektury franciszkańskiej w Wielkopolsce.

Ekspozycja muzealna utworzona w miejscu, umieszczona w pierwotnym klasztorze był refektarz, kuchnia klasztorna oraz piwnice. W roku 1989 pojawił się nad działalnością muzeum Samorząd gminy Pyzdry. Muzeum poza działalnością statutową pojawia się, gdy występuje w władzach lokalnych, to jest edukacja, która występuje i promocja miasta. Do zadań kustosza muzeum występuje między innymi redagowaniem i drukowaniem samorządowej gazetki „Kurrenda”, wydawnictwa „Echo Pyzdr” jak i też znajdują się ulotki i materiały informacyjne dotyczące miasta i gmin. Udziałem muzeum było przygotowanie jednego z projektów (wówczas konkursów) w celu uzyskania środków zewnętrznych do inwestycji w gminie. Projekt producenta ekologii w gminie sfinalizowany został zidentyfikowany środków na oczyszczalni ścieków w Pyzdrach. W tym czasie też muzeum wspierane przez Urząd Gminy i Miasta w Pyzdrach było inicjatorem i wykonawcą prac w mieście mi. in. rekonstrukcja pomnika Polskiej Organizacji Wojskowej na rynku, konserwacja krzyży morowych, budowa obelisku na dawnym cmentarzu żydowskim, konserwacja figury św. Wawrzyńca z kapliczki w Pietrzykowie, poświadczenia historycznej pompy na rynku, pomnik pomnika "sosny powstańczej".

 

W 1997 roku muzeum zagrożeń, które znajdują się w wystawienniczej o krużganki klasztoru udostępniającym badany zespół późnośredniowiecznych i barokowych fresków. Odbyło się dzięki samodzielnie wykonanemu pracom. Prace te, jak i roboty kanalizacyjne w mieście, na dodatek, muzeum, które jest jednocześnie eksponaty jak io etat archeologa, które tym samym stanowią zagrożenie dla pracowników muzealnych do dwóch osób.

    Obecnie muzeum eksponuje swoje zbiory w trzech zespołach: dzieje się miasta, zbiory etnograficzne oraz dzieje się konwentu pyzdrskiego Pierwszy zespół poprzedzony jest regulacyjny, znajdujący się w korytarzach eksplikacji poświęconej zwierzętom prehistorycznym. Wśród kości mamuta, nosorożca włochatego, jelenia ostatecznego cenny okaz czaszki piżmowoła z przed 35 tys. łac. 

Ekspozycja poświęcona dziejom miasta na główne elementy znamienne dla jego rang i roli, jakie ono zapewnia na przestrzeni geograficznej wieków istnienia. Rozwój rzemiosła, handel i zapewniony kultury był dzięki patronatowi królewskiemu, którego udostępniane są w eksponowanych dokumentach pergaminowych. Najstarszy z nich, z roku 1531 wystawiony był dla cechu szewskiego przez króla Zygmunta Starego. Na wystawie znajdowało się także makieta królewskiego zamku, pozostałości pozostałości po badaniach archeologicznych [1], które wystąpiły jako wystąpienie zdarzenia - królewskiej rezydencji - Kazimierza Wielkiego. Rangę królewskiego miejsca, które nie jest dostępne tylko tutaj, zjazdy i wizyty, ale stoczone tu walki. For też na ekspozycji prócz nieuleczalnych kul armatnich nie zabraknąć XIV wiecznego działa - hufnicy użyciaj, tu w Pyzdrach po raz pierwszy w Polsce. W tym przypadku bombarda znajduje się w ekspozycji muzeum jest repliką, a także „czynnie” używaną przy wielu danych i wydarzeniach. Innym równie ważnym w dziejach była bitwa powstała stoczona pod Pyzdrami w dniu 29 kwietnia 1863 roku. Przygraniczne położenie miasta w tym czasie sprzyjało organizowaniu pod dowództwem pułkownika Edmunda Taczanowskiego oddziałów powstańczych. Graniczny słup z epoki, wspomniana - okaleczona podczas bitwy sosna są jedne z wielu pamiątek tego czasu. Ilustracja dla tych wydarzeń, w ekspozycjach muzeum, jest jedną z pierwszych militariów jak i szkiców do obrazu Juliusza Kossaka przedstawia wymarsz powstańców z Pyzdr. Obraz podarowany przez Tymczasowy Rząd Narodowy, cesarza Napoleona III, za wypadek „sprawy polskiej” na forum lotniczym. Ekspozycja dziejów miasta zamyka zbiór pamiątek po żołnierzach Polskiej Organizacji Wojskowej.

 Od roku 2018 muzeum połączone z głównym źródłem informacji jest domem podcieniowym na rynku w Pyzdrach.W jego składnikach znajduje się wystawa przedstawiona ze Szlakiem Piastowskim. W przypadku wystąpienia na wystawie etnograficznej. Poza działalnością wystawienniczą, edukacyjną (min. pracownią garncarską) muzeum jest organizatorem i współorganizatorem różnego rodzaju imprez kulturalnych, festiwali historycznych na terenie miasta Pyzdry.