Muzeum w Pyzdrach zostało utworzone w 1957 roku. Swoją pierwszą siedzibę muzeum znalazło w wynajętym na ten cel zabytkowym domu podcieniowym, pochodzącym z XVIII w. W roku 1985 muzeum przeniesiono do obecnej siedziby, którą jest klasztor pofranciszkański. Klasztor franciszkański w Pyzdrach jest jednym z trzech zachowanych z okresu średniowiecza obiektów architektury franciszkańskiej w Wielkopolsce.

Ekspozycja muzealna utworzona została w pomieszczeniach, którymi pierwotnie w klasztorze był refektarz, kuchnia klasztorna oraz piwnice. W roku 1989 nadzór nad działalnością muzeum przejął Samorząd Gminy Pyzdry. Muzeum oprócz działalności statutowej zajęło się wówczas ważną dziedziną w funkcjonowaniu samorządów lokalnych, to jest edukacją społeczną i promocją miasta. Do zadań kustosza muzeum należało między innymi redagowanie i drukowanie samorządowej gazetki "Kurrenda", wydawnictwa "Echo Pyzdr" jak i też liczne ulotki i materiały informacyjne dotyczące miasta i gminy. Udziałem muzeum było przygotowanie jednego z pierwszych projektów (wówczas konkursów) w celu pozyskania środków zewnętrznych do inwestycji w gminie. Projekt dotyczący ekologii w gminie sfinalizowany został uzyskaniem środków na budowę oczyszczalni ścieków w Pyzdrach. W tym czasie też muzeum wspierane przez Urząd Gminy i Miasta w Pyzdrach było inicjatorem i wykonawcą prac w mieście mi. in. rekonstrukcji pomnika Polskiej Organizacji Wojskowej na rynku, konserwacji krzyży morowych, budowy obelisku na dawnym cmentarzu żydowskim, konserwacji figury św. Wawrzyńca z kapliczki w Pietrzykowie, postawienia zabytkowej pompy na rynku, budowy pomnika "sosny powstańczej".

 

W 1997 roku muzeum zwiększyło swą powierzchnię wystawienniczą o krużganki klasztoru udostępniając zwiedzającym zespół późnośredniowiecznych i barokowych fresków. Odbyło się to dzięki samodzielnie wykonanym pracom. Prace te jak i roboty kanalizacyjne w mieście pozwoliły na wzbogacenie muzeum zarówno o eksponaty jak i o etat archeologa, który tym samy zwiększył  liczbę zatrudnionych pracowników muzealnych do dwóch osób.

    Obecnie muzeum eksponuje swoje zbiory w trzech zespołach: dzieje miasta, zbiory etnograficzne oraz dzieje konwentu pyzdrskiego  Pierwszy zespół poprzedzony jest niewielką, znajdującą się w korytarzu ekspozycją poświęconą zwierzętom prehistorycznym. Wśród kości mamuta, nosorożca włochatego, jelenia olbrzymiego  cenny okaz czaszki piżmowoła z przed 35 tys. lat. 

Ekspozycja poświęcona dziejom miasta to głównie elementy znamienne dla jego rangi i roli jakie ono spełniało na przestrzeni siedmiu wieków istnienia. Rozwój rzemiosła, handlu i kultury zapewniony był dzięki patronatowi królewskiemu, którego obecność zobaczyć możemy w eksponowanych pergaminowych dokumentach. Najstarszy z nich, z roku 1531 wystawiony był dla cechu szewskiego przez króla Zygmunta Starego. Na wystawie znajduje się też makieta królewskiego zamku, którego szczątki od niedawna, po badaniach archeologicznych[1] ocenione zostały jako największa realizacja zamku - królewskiej rezydencji -  Kazimierza Wielkiego. Rangę królewskiego miejsca podkreśliły nie tylko odbywające się tu zjazdy i wizyty ale stoczone tu walki. Dlatego też na ekspozycji prócz oryginalnych kamiennych kul armatnich nie mogło zabraknąć XIV wiecznego działa - hufnicy użytej, tu w Pyzdrach po raz pierwszy w Polsce. W tym wypadku, bombarda znajdująca się w ekspozycji muzeum jest repliką znakomicie, również "czynnie" służącą przy wielu okazjach i uroczystościach.  Innym równie ważnym w dziejach była bitwa powstańcza stoczona pod Pyzdrami w dniu 29 kwietnia 1863 roku. Przygraniczne położenie miasta w tym czasie sprzyjało organizowaniu pod dowództwem pułkownika Edmunda Taczanowskiego oddziałów powstańczych. Graniczny słup z epoki, wspomniana - okaleczona podczas bitwy sosna są jedne z wielu pamiątek tego czasu. Ilustracją dla tych wydarzeń, w ekspozycji muzeum są zarówno liczne militaria jak i szkic do obrazu Juliusza Kossaka przedstawiający wymarsz powstańców z Pyzdr. Obraz podarowany  został przez Tymczasowy Rząd Narodowy cesarzowi Napoleonowi III za poparcie "sprawy polskiej" na forum międzynarodowym. Ekspozycję dziejów miasta zamyka zbiór pamiątek po żołnierzach Polskiej Organizacji Wojskowej.

 Od roku 2018 muzeum zarządza pierwszą siedzibą muzeum to jest domem podcieniowym, który został wyremontowany z funduszy pozyskanych zewnątrz. W budynku tym, w jego piwnicach znajduje się wystawa poświęcona czasom pierwszej dynastii rządzącej w Polsce, okres od XI-XIII w. W pomieszczeniach na parterze mieści się przeniesiona z budynku klasztoru wystawa etnograficzna. Poza działalnością wystawienniczą, edukacyjną (min. prowadzenie pracowni garncarskiej) muzeum jest organizatorem i współorganizatorem różnego rodzaju imprez kulturalnych, festynów historycznych na terenie miasta Pyzdr jak również poza na przykład robiąc pokazy wystrzałów z repliki XIV-wiecznej armaty.